施普林格·自然發佈了基於研究論文發表數量等指標對大學及研究機構進行排名的《Nature Index Research Leaders 2025》（2025年度自然指數榜單）。日本在世界排名中繼續維持第5位，但論文份額較上年減少了9%。此外，進入全球研究機構前100名的日本研究機構僅有東京大學（第23位，2024年為第21位）和京都大學（第55位，2024年為第47位）兩所，這是京都大學首次跌出前50名。在新增加的「女性作者比例」指標中，沖繩科學技術大學院大學以30.2%的比例位居日本國內首位。
東京大學安田講堂
| 日本排名 | 機構名稱 | 世界排名（2024年） | 世界排名（2025年） | 與去年的排名差 |
| 1 | 東京大學 | 21 | 23 | −2 |
| 2 | 京都大學 | 47 | 55 | −8 |
| 3 | 大阪大學 | 70 | 103 | −33 |
| 4 | 理化學研究所 | 126 | 115 | 11 |
| 5 | 東京科學大學 | 141 | 132 | 9 |
| 6 | 東北大學 | 106 | 143 | −37 |
| 7 | 名古屋大學 | 128 | 151 | −23 |
| 8 | 北海道大學 | 122 | 185 | −63 |
| 9 | 九州大學 | 219 | 209 | 10 |
| 10 | 物質與材料研究機構 | 196 | 222 | −26 |
| 11 | 產業技術綜合研究所 | 382 | 391 | −9 |
| 12 | 筑波大學 | 332 | 392 | −60 |
| 13 | 廣島大學 | 543 | 446 | 97 |
| 14 | 慶應義塾大學 | 363 | 477 | −114 |
| 15 | 千葉大學 | 600 | 497 | 103 |
中國在研究論文發表數量上的優勢進一步擴大。2024年中國論文數量達32,122篇，較2023年增長17%。目前，中國機構佔據了自然指數全球前10機構中的8席。此外，亞洲國家整體保持優勢，而歐美機構在排名前列的數量上有所減少。《自然》雜誌主編西蒙·貝克表示：「中國對科技的持續投資推動了高質量研究成果的快速持續增長，在物理科學和化學等領域，已大幅超越包括美國在內的傳統歐美優勢國家。」
其他亞洲國家的研究論文發表數量也顯著增加。除中國外的Top10中，韓國和印度較2023年相比實現了論文份額的增長，其中韓國增長4.1%，印度增長2%。韓國綜合排名上升至第7位，超過了加拿大。另外新加坡從第18位升至第16位，增幅達7%，在全球Top20的國家中這個增幅位列第二，僅次於中國。亞洲國家中唯一例外的是日本，論文份額減少9%。
主要西歐國家的論文份額已連續兩年減少。加拿大、法國、瑞士、英國、美國的降幅均達到7%以上。澳大利亞和德國的降幅則在3%以內。
從機構排名來看，中國機構佔據了全球Top10機構中的8席。中國科學院（CAS）保持首位，中國科學技術大學位列第3，浙江大學從第10位升至第4位。多個西歐機構排名下滑。德國馬克斯·普朗克學會從第4位降至第9位，法國國家科學研究中心（CNRS）首次跌出前10，降至第13位。雖然哈佛大學論文份額減少18%，但仍保持第2位。斯坦福大學和麻省理工學院（MIT）排名均有所下降。斯坦福從第15位降至第16位，MIT從第14位降至第17位。美國國立衛生研究院（NIH）排名也出現波動，從前20下滑至第24位。
原文：《科學新聞》
翻譯：JST客觀日本編輯部
