進入21世紀後，科技政策幾乎完全域中到了作爲指揮塔的日本内閣府和作爲執行部隊的文部科學省這兩個部門。當時的小泉政權提出了將生命科學和奈米技術等尖端技術的產業化作爲一大支柱的經濟振興戰略，科技政策與該戰略統一步調，明確了大學、研究機構與民營企業之間開展產學合作的必要性。
2001年版《科技白皮書》（2002年6月發佈）強烈要求推進技術創新和產學合作，爲此在京都舉行了旨在推進產學官合作的第一屆會議。之前合作總是感覺碰壁的大學與產業界由此開始正式對話。
第一屆產學官合作推進會議的召開資訊
在會議上，大學介紹了自己已經擁有大量創新種（seeds），以及採用大學技術的初創企業正快速增加的情況。政府提出3年内使大學參與的初創企業達到1000家的目標，2001年新誕生92家，當時合計已超過250家。
會議還介紹了美國產學合作取得成功的事例，並公示了兩項理念和原則：（1）大學的使命歸根結底是教育和基礎研究，應該重視與產業關係並不密切的學術領域；（2）產學合作要尊重大學、產業界和地區的自主性，政府應避免過度參與。
產學合作隊形變換程序中的核心關鍵爲「技術創新」。2006年9月第一次上臺的安倍内閣提出了「透過技術創新促進經濟增長，從而實施‘美麗日本’」的政策。高市早苗被任命爲創新擔當大臣，她立即舉行了討論2025年之前要實施的長期創新戰略的私人懇談會「創新25戰略會議」，並從日本學術會議會長以及產業界和學術界中遴選出了6名專家。
2006年度開始的第3期科學技術基本計劃（2006年度～2010年度）中也提出：「融合隊形變換以往的科學發現和技術發明，實施創造新社會價值和經濟價值的創新」，預計這一期間的政府研究投資總額爲41萬億日元（第1期爲17萬億日元，第2期爲24萬億日元）。
第3期的投資領域繼承了第2期的「知識創造」、「國際競爭力」及「安全優質的生活」三專案標，同時還提出了更加具體的政策目標。其中大目標共6項，包括突破科技極限、兼顧環境和經濟等，中期目標共12項，包括解決地球變暖和能源問題、實施泛在網絡社會等。
另外，在解決國家和社會政策課題的研究開發方面，繼第2期之後，繼續操作將生命科學、奈米技術與材料、資訊通訊、環境4個領域作爲重點和優先投資領域。此外，還提出向以下4個推進領域重點分配資金：能源技術、交通網等社會基礎設施、太空等前緣技術、製造技術等事關日本未來存亡的基礎課題。
2007年5月發佈了「創新25戰略會議」最終報告。該報告與每5年制定一次的科學技術基本計劃相比，展望了更加長遠的2025年計劃實施的社會形態，同時還寫入了旨在實施這種社會的政策隊形變換藍圖（規畫表）。
報告中提出，2025年的日本要克服癌症和腦卒中等，實施「終身健康的社會」，要大幅減量天然災害的受災等，實施「安全放心的社會」，針對全球性的問題，要實施「能爲解決世界性課題做貢獻的社會」。另外，作爲有助於實施這種社會的創新政策的推進方式，提出了「社會階層改革」和「技術創新」兩種方式。關於「技術創新」，作爲國家正快速推進的專案，提出了「實施使失落的人體功能再生的醫療」以及「生質資源的綜合利用」等。不過，報告中沒有提出任何有時間侷限的目標。
從此，冠以「創新」之名的政策目標一個接一個出現。2009年度的補充預算和2010年度的預算編制中提出了實施環境和能源領域的技術創新的「綠色技術創新」，此外還提出了旨在實施健康社會的「生活技術創新」。透過藥物和醫療器械開發實施經濟增長及提高醫療和健康水平的「醫療技術創新」也是其中之一。
不過，「創新」口號提出後，發生了兩件標誌性事件，迫使創新政策減速。首先是在2009年至2013年的約5年裏，當時得民主黨執政。其次是2011年3月11日發生了以東北地區爲中心的東日本大地面震動以及由此引發的海嘯導致的東京電力福島第一核能電廠事故。
這兩件事從推進創新的角度來說雖然是暫時性事件，但的確是減緩了創新的速度。
民主黨政權上臺後，爲了大規模改變自民黨政權此前的施政方針，提出了「由官僚主導變爲政治主導」以及「實施預算編制的透明性」政策，具體實施了「事業甄別」。雖然輿論調查等顯示事業甄別廣受詬病，遭到了教育機構和研究機構的強烈批評和抗拒。
科技方面，計劃在超級計算機領域實施全球最快速度的理化學研究所的「京」在事業甄別中被民主黨議員蓮舫質疑「必須是第一才行嗎？第二不可以嗎」，阻礙了尖端技術的開發。當然了，事業甄別對於以往只要是尖端技術領域，不管什麼都一窩蜂上馬的做法進行剎車還是有必要的。
鳩山執政的民主黨政權基本只維持了1年時間，在後繼的菅直人執政時代，2011年3月發生了東日本大地面震動。雖然當時的政權被指出對地面震動和海嘯等因應不力，但這場史無前例的災難加深了人們對「互相幫助」、「紐帶」、「義工」及「重建復興」等詞語的傳播和認識。海外各國也紛紛向日本提供了援助。與此同時，在科技領域，對立足未來的尖端技術開發的關注被暫時封印起來。
東日本大地面震動發生後不久發佈的2011年版《科技白皮書》中承認，未能充分利用之前積累的科技成果，同時大幅減量了關於核能研發的表述，另外還強調，不僅是核能，還需要大幅調整能源和科技政策。第二年的2012年版白皮書指出：「國民對科學家的信任嚴重下將，對核電的安全等科學技術的不安感強化」。白皮書分析認爲，終極因數在於政府未能因應地面震動和核能電廠事故的風險，也沒有向國民準確地提供科學知識。
文: 瀧川 進
翻譯編輯 JST客觀日本編輯部
