10月28日舉行的衆議院全體會議針對菅義偉首相實施了首次代表質詢，關於引起巨大爭議的拒絕任命日本學術會議6名會員的問題，菅義偉首相首次在國會上發表了自己的看法。針對立憲民主黨的枝野幸男代表和泉健太政調會長的質詢，菅義偉首相併不身份鑑定二人提出的必須按照學術會議的推薦任命會員的觀點，明確表示不會改變任命名單。
菅義偉首相回答立憲民主黨代表枝野幸男的質詢（衆議院審議的轉播畫面截圖）
菅義偉首相沒有回答未任命這6人的具體理由，僅就日本學術會議的存在方式發表了看法，認爲「（日本學術會議）應該綜合性、俯瞰性地開展活動，即不受專業領域的侷限，立足廣闊的視野，均衡地開展活動，作爲花費政府預算的機構，應該被國民瞭解」。他還表示：「（目前的當選會員）來自民間的人士和年輕人比較少，出身大學也存在偏倚，因此考慮到雜異化的重要性，我作爲任命權者做出了這樣的判斷」。
正在聽取菅義偉首相答辯的立憲民主黨議員。後排中央爲枝野幸男代表（衆議院審議轉播畫面截圖）
「綜合性、俯瞰性地活動」是菅義偉首相接受新聞媒體採訪時等反復使用的表述。除了被批評難以理解外，熟悉有關日本學術會議所有爭論的科學家還表示：「問題在於（菅義偉首相使用這樣的表述）並不是針對日本學術會議的活動，而是針對會員選拔的人事任命」。因爲「綜合科學技術會議」（現爲綜合科學技術創新會議）2003年2月26日公佈的針對首相和相關内閣成員的意見報告「關於日本學術會議的存在方式」中有下面這樣的表述。
「日本學術會議應該靈活地因應新的學術研究動向，從科學的角度出發，爲解決當前的社會課題提供建議，並開展與社會的交流活動，爲了滿足這些期待，需要從綜合性、俯瞰性的角度開展活動」。「綜合性、俯瞰性」只是針對日本學術會議的活動使用的表述。
日本内閣府下設的「思考日本學術會議新前景的專家會議」於2015年3月20日公佈的報告「關於日本學術會議的未來展望」中就出現過類似的表述：「希望會員和合作會員不僅能在自己的專業領域取得優異的成果，還可以從突破自己的專業框架的俯瞰性視點去面對各種課題」。這是作爲「專家會議的意見」提出的。
專家會議的委員中包括日本學術會議當時的會長大西隆。菅義偉首相可能認爲，至少日本學術會議當時的會長也承認「俯瞰性」也是對學術會議會員的期待與要求。
另一方面，在2003年公開的綜合科學技術會議意見報告「關於日本學術會議的存在方式」的推動下，於2004年修訂的《日本學術會議法》中對會員的要求只有一條，即「在科學領域有出色的研究或成就」。修訂後的《日本學術會議法》中沒有使用「綜合性、俯瞰性」的表述。因此，有法律學家認爲：「首相從確保綜合性、俯瞰性活動的觀點出發任命會員是違法行為」。
最終，從菅義偉首相針對代表質詢的答辯中明確的是，菅義偉首相收回「首相有會員任命權」的可能性很低。政府和自民黨想從根本上重新審視日本學術會議的存在方式的態度也比較強硬，日本學術會議處於劣勢的態勢不容否認。
日文：小岩井忠道（JST客觀日本編輯部）
中文：JST客觀日本編輯部
【相關鏈結】
日本學術會議法
綜合科學技術會議意見報告「關於日本學術會議的存在方式」
内閣府·思考日本學術會議的新前景的專家會議「關於日本學術會議的未來展望」
