日本國立傳染病研究所8月5日公佈的一項新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)基因分析結果表明,擁有6個鹼基突變的新基因序列新冠電腦病毒從6月份開始從東京蔓延至日本全國。
日本國立傳染病研究所的調查顯示,3月份之前,擁有武漢電腦病毒株基因序列的新冠電腦病毒進入日本,在導致包括「鑽石公主號」在内的聚集性傳染之後被平息;進入3月份之後,擁有歐洲電腦病毒株基因序列的新冠電腦病毒開始在日本全國各地引起多起聚集性傳染,此番疫情也於5月下旬暫時平息;但6月中旬以後,以東京爲中心,突然出現了擁有新型基因序列的電腦病毒,目前日本全國各地迅速增加的陽性患者大多都傳染了這種擁有新基因序列的新冠電腦病毒。
圖1:在日本發現的新冠電腦病毒基因體鹼基突變關係圖。圖中顯示,日本最早出現的新冠電腦病毒株與武漢同源性;3月中旬以後,來自歐洲的新冠毒株在日本全國同時引起多起聚集性傳染(右側中央的●背景),其周圍部分發生出現1-2個鹼基突變的地區特徵性聚集性傳染(米黃色背景),並隨着日本進入緊急狀態逐漸收斂。而目前日本全國正在迅速增加的陽性患者大多都屬於另外一個基因體羣(粉色背景)。與來自歐洲的新冠毒株相比,從3月至6月的3個月期間有6個鹼基發生突變,但在這3個月裏並未發現明確連接基因突變和患者的聚集性病例,所以尚不清楚傳染源。估計在這段時間裏,很可能是輕症患者或無病徵陽性者所攜帶電腦病毒發生了基因突變。
世界各地的研究所正在緊急解碼SARS-CoV-2基因體序列,截至2020年7月25日,已經錄入46,000名患者的SARS-CoV-2基因體序列(適合用於基因體分子流行病學的全長序列)。日本國立傳染病研究所也確定了新冠電腦病毒SARS-CoV-2(單鏈正鏈RNA電腦病毒,全長29.9kb)的基因體序列,目前正在分析聚集性傳染特有的基因資訊以及聚集性傳染之間的共性。
日本國立傳染病研究所的研究團隊從日本各地收集了3618名日本患者、70名鑽石公主號遊輪的乘員與乘客患者,以及67名機場檢疫所檢測出的陽性患者(包括外國人)的SARS-CoV-2基因體序列。
從這些基因體資訊中提取鹼基突變,轉列出了上述表示電腦病毒株親子關係的關係圖(圖1)。據專家們推測,SARS-CoV-2的突變速度目前爲24.1個鹼基突變/基因體/年(即1年有24.1個位置發生突變),日本國内的新冠電腦病毒基因突變的趨勢也與此基本相同。這表明,自2019年年底放大疫情以來,經過約7個月的時間,整個基因體平均約有15個鹼基隨機發生了突變。
文:JST客觀日本編輯部