由日本人文和社會科學領域的226個學會及協會組成的「人文社會系學協會聯合交握會」認爲菅義偉首相拒絕任命日本學術會議推薦的6名會員屬於不當行為，並於11月6日發表聯合宣告，要求解釋拒絕任命理由並任命這6人。當天下午，各學會和協會的10位會長代表交握會在日本記者俱樂部舉行記者發佈會，介紹了發表聯合宣告的程序和終極因數。
人文社會系學協會聯合交握會的記者發佈會（日本記者俱樂部）
日本學術會議10月2日公佈了一份請求書，要求菅義偉首相解釋日本學術會議8月31日推薦的105名會員候選人中爲何有6人未被任命並儘快任命這6人，10月3日請求書遞交給了菅義偉首相。「人文社會系學協會聯合交握會」發表的聯合宣告支援日本學術會議的請求書，同時再次要求首相解釋拒絕任命的理由並任命6人。
在記者發佈會上，日本社會福祉學會會長兼同志社大學社會學部教授木原活信首先介紹說，交握會幾乎覆蓋了整個人文社科領域，包括語言學、哲學、宗教學、歷史學、文化人類學、心理學、社會學、社會福祉學、社會政策學、教育學、文學、經濟學、經營學、日本音樂、政治學及科學史等。然後表示：「這可能是歷史上第一次有這麼多的人文社會科學領域的學會團結一致發表意見。表明不安和擔憂已經擴大到人文社會科學各個領域」，強調了此次的拒絕任命事件的嚴重性。
日本社會福祉學會會長木原活信（同志社大學社會學部教授）
木原教授發言後，日本近代文學會營運委員長（青山學院大學文學部教授）佐藤泉也回顧了日本歷史上曾有過一段時期，在言論管控下，很多作家被迫沉默，或者只能寫一些國家希望他們寫的東西，佐藤教授表示：「言論管控會徹底改變一個時代的文化。政治不能介入思想和言論領域」，強烈要求首相撤銷拒絕任命的決定。
日本近代文學會營運委員長（青山學院大學文學部教授）佐藤泉
日本哲學系諸學會聯盟委員長（東北大學名譽教授）野家啓一就菅義偉首相拒絕任命6人嚴厲批判說：「身爲學術界的有關人員，無法容忍政府封鎖作爲人文社會學生命線的批判性議論，按照政府的意向增加迎合壓力，並且還將揣度文化從官場帶進學術界的行為」。另外表示，此舉從根本上侵犯了《日本學術會議法》所保障的日本學術會議的獨立性，並強調這種行為不符合《日本學術會議法》在序言中指出的「科學是文化國家的基礎」，以及「爲人類社會的福祉做貢獻」的表述。
日本哲學系諸學會聯盟委員長野家啓一（東北大學名譽教授）
日本宗教研究諸學會聯盟委員長（上智大學實務宗教學研究科教授）島薗進指出：「被拒絕任命的人中有基督教學界和宗教學界的重要成員。如果不清楚爲何被拒絕，可能還會影響到想在這些教師工作的大學學習基督教學的學生」。另外還表達了強烈的擔憂：「日本學術會議的會員應該是透過學術成就來選拔的，綜合性、俯瞰性的考慮中納入了各種標準。綜合性、俯瞰性是指學術意義方面的，但菅義偉首相可能理解錯了。如果不解釋清楚拒絕任命的理由，可能會隊形變換成不能做這類研究的事態」。
日本宗教研究諸學會聯盟委員長（上智大學實務宗教學研究科教授）島薗進
在國會的代表質詢和預算委員會的集中審議中，菅義偉首相也沒有解釋拒絕任命這6人的具體終極因數。從日本學術會議的前兩任會長針對新聞媒體的發言等瞭解到，大上屆和上屆的會員任命時，當時的會長除了105名新會員候選人外，還分別提前向政府提交了12名和6名超過定員數的名單，而此次僅提交了105名的定員推薦名單。提交超過定員數的名單時並沒有出現此次這樣的問題。因爲除了超過定員數的名單外，兩次都任命了日本學術會議希望任命的105名會員。另外還瞭解到，在前兩任會長的任期内出現過屆中會員空缺的情況，因此要求任命補充會員時，按順序推薦了多位候選人。但這兩次政府都沒有身份鑑定日本學術會議希望任命的優先候選人，最終並沒有補上空缺。
在11月5日舉行的參議院預算委員會上，菅義偉首相首次解釋了這次事件的原委。據其介紹，以前在提交正式名單前會進行一定的調整，而「此次推薦前沒有進行調整，因此導致有人未被任命」。
日文：小岩井忠道（JST客觀日本編輯部）
中文：JST客觀日本編輯部
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日本記者俱樂部發佈會報告「人文社會系學協會聯合交握會 記者發佈會」
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